O prêmio seleciona as melhores experiências em quatro categorias correspondentes às etapas da educação básica:
a) educação infantil;
b) séries/anos iniciais do ensino fundamental;
c) séries/anos finais do ensino fundamental;
d) ensino médio.
No ano de 2009, em sua 4ª edição, serão contemplados os professores de todas as etapas da educação básica da rede pública. A iniciativa conta com a parceria de instituições renomadas: Fundação Bunge, Fundação Orsa, Fundação Pró-Livro, Instituto Votorantim, Conselho Nacional dos Secretários de Educação (Consed), União dos Dirigentes Municipais de Educação (Undime), Organização das Nações Unidas para a Educação, a Ciência e a Cultura (Unesco) e a Organização dos Estados Ibero-Americanos (OEI).
A organização nacional do prêmio fica a cargo da Coordenação Nacional do Prêmio Professores do Brasil, composta por representantes do MEC e das instituições parceiras, cujas atribuições consistem em:
a) coordenar e apoiar, logística e administrativamente, o funcionamento do concurso em todas as suas etapas;
b) apoiar e subsidiar o trabalho da Comissão Julgadora Nacional;
c) responder às dúvidas e solucionar casos omissos em relação a este regulamento.
Em cada estado, é instituída a Coordenação Estadual do Prêmio Professores do Brasil, composta por representantes indicados pelo Consed e pela Undime, com as atribuições de:
a) coordenar e apoiar, logística e administrativamente, no âmbito estadual ou distrital, o funcionamento do concurso, desde o seu lançamento até o término da etapa de seleção;
b) apoiar as secretarias municipais de educação durante o processo de inscrição para o prêmio.