À Secretaria Executiva compete: assistir ao ministro na supervisão e coordenação das atividades das secretarias integrantes da estrutura do ministério e das entidades a ele vinculadas; auxiliar o ministro na definição de diretrizes e na implementação das ações em educação; supervisionar e coordenar as atividades relacionadas aos sistemas federais de planejamento e orçamento, organização e modernização administrativa, recursos da informação e informática, recursos humanos e de serviços gerais, no âmbito do ministério.